当免疫系统识别出某种特定食物中的蛋白质对身体有害时，就会发生食物过敏，随后就会做出反应，试图“击退”这种“有害”蛋白质(实际上是无害的)。巧克力过敏虽然可能发生，但并不常见。目前还没有对吃巧克力的人进行广泛的研究过敏．通常，当人们对吃巧克力有不良反应时，他们(甚至他们的医生)认为这是巧克力过敏，而实际上可能是其他原因。
一种常见的巧克力过敏症状是头痛或偏头痛。其他可能的症状包括口腔、舌头或嘴唇瘙痒或肿胀;皮肤反应，如四肢或脸部出现湿疹、荨麻疹、肿胀和红肿;胃肠症状，如腹痛、恶心、呕吐、腹泻;呼吸道症状，如流鼻涕或鼻塞、咳嗽、打喷嚏、喘息和呼吸困难;以及心血管症状，如血压下降、头晕和昏厥。
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如果你在吃巧克力后出现这些症状，并不一定意味着你对巧克力过敏。这更有可能是另一种食物过敏或巧克力不耐受。最常见的食物过敏原，占食物过敏的90%，包括牛奶、鸡蛋、花生、树坚果和小麦。你吃的巧克力可能含有一种或多种这些成分，即使是微量的(比如不含坚果的巧克力棒，是用生产含坚果巧克力棒的机器加工的)。实际上，你可能对其他成分过敏，这可能是你的反应。
食物不耐受的症状类似于胃溃疡的症状过敏但不耐受与你的胃肠系统缺陷有关，与你的免疫系统无关。确认对巧克力过敏的唯一方法是去过敏症专科医生那里做测试。最好的测试是双盲安慰剂对照食物挑战。一旦你的过敏专科医生诊断出问题，他可以决定最好的治疗方案。
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