燃料电池以氢为燃料，氢是一种低燃点的元素。这导致了一些特别的安全问题。即使在燃料电池广泛应用于汽车之前，氢气输送系统也必须到位。输送系统需要美国各地的管道网络、卡车运输系统、氢发电厂和氢燃料站。这个网络上的每个点都需要在物理、化学和机械上安全。
即使是氢燃料电池汽车的存储系统本身也存在独特的问题。的氢和气体比起来相当重。因此，为了让一辆汽车储存足够的氢来行驶满箱的常规行驶里程(300英里或约480公里)，汽车框架要么需要更坚固，要么科学家需要找到一种方法来使充满氢燃料电池的重量更轻。
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消防员、急救人员、警察——任何类型的第一反应者——都必须为涉及氢燃料电池汽车的交通事故开发新的流程和响应。事实上，在氢气网络的任何一个点，从汽车到管道到氢气发电厂，任何事故都需要一个具体的安全计划来处理氢气爆炸。因此，氢燃料电池的工程师有责任确保他们设计的系统安全可靠。
